Jakten på virusvarianter intensifieras – ÅUCS snart redo för sekvensering av prover från coronavirustester
Åbo universitetscentralsjukhus (ÅUCS) laboratorium för klinisk mikrobiologi kan börja göra så kallad sekvensering av positiva prover från coronavirustester i början av mars. Det tror och hoppas Antti Hakanen, överläkare och direktör för ÅUCS laboratorier.
— Vi gör sekvensering av coronavirusprover redan nu men snart börjar vi göra det som en del av rutindiagnostiken, preciserar Hakanen.
”Annorlunda egenskaper än den ursprungliga virusvarianten”
Sekvensering av positiva coronavirusprover innebär att man kartlägger virusstammarnas genetiska variation. På så sätt kan man skilja olika varianter av coronaviruset från varandra och identifiera till exempel de virusvarianter som spridits i och från Storbritannien och Sydafrika.
— Vi undersöker dessa varianter eftersom epidemiologisk information tyder på att de har annorlunda egenskaper än den ursprungliga virusvarianten. Den variant som spridits från Storbritannien verkar vara mer smittsam än andra varianter, säger Carita Savolainen-Kopra, ledande sakkunnig vid Institutet för hälsa och välfärd.
Jeanette Östman/SPTGenom sekvensering kan man också kartlägga om det finns virusvarianter med egenskaper som gör att antikroppar inte erbjuder ett lika starkt skydd mot dem. Det är viktig information med tanke på vaccinationerna mot coronaviruset, säger Savolainen-Kopra.
För tillfället görs sekvensering av coronavirusprover endast i Helsingfors universitets, Helsingfors och Nylands sjukvårdsdistrikts och Institutet för hälsa och välfärds laboratorier i Helsingfors. Positiva prover från olika delar av landet måste således skickas till Helsingfors för sekvensering.
Målet: 1 000 sekvenseringar per vecka
Carita Savolainen-Kopra säger att coronavirussekvensering gjorts i liten skala ända sedan de första smittfallen dök upp i Finland. Efter att den virusvariant som spridits från Storbritannien för första gången upptäcktes i Finland i december ökade man snabbt antalet sekvenseringar.
För tillfället görs 300–500 coronavirussekvenseringar per vecka men målet är att öka antalet till 1 000 per vecka inom snar framtid.
Alla positiva coronavirusprover från personer som kommit till Finland från utlandet sekvenseras. Dessutom kan positiva prover från orter där smittspridningen eskalerat exceptionellt snabbt sekvenseras. Därtill sekvenseras regelbundet positiva prover från alla universitetssjukhus som en del av den epidemiologiska kartläggningen.
Åbo och Tammerfors minskar transportbehovet
Carita Savolainen-Kopra säger att sekvenseringen tar mellan tre dagar och över en vecka beroende på vilken metod som används. För prover som kommer till Helsingfors från andra delar av landet kan dessutom transporterna ta några dagar.
— Det är absolut en utmaning att sekvensering inte är ett snabbtest utan en långsam verksamhet. I spårningen av smittkedjor skulle det naturligtvis vara till stor hjälp att få resultat snabbare, säger Savolainen-Kopra.
När man börjar göra sekvensering också på andra håll behöver inte alla prover transporteras till Helsingfors. Förutom ÅUCS har också laboratoriet Fimlab i Tammerfors gjort förberedelser för att påbörja sekvensering av positiva coronavirusprover.
Även privata vårdbolag gör sekvensering av positiva coronavirusprover men tills vidare i förhållandevis liten skala.
Mikael Piippo/SPT
Kommentarer
Alla som kommenterar ÅU:s webbartiklar förväntas göra det sakligt och under sitt eget namn. Vi godkänner inga länkar till externa webbplatser i kommentarerna. Kommentarerna modereras. Fyll i både ditt för- och efternamn, tack.